Der Lebensraum Wasser wird durch eine Vielzahl chemischer, physikalischer und biologischer Zusammenhänge aufrecht erhalten, die Garneln direkt, wenn auch unterschiedlich beinflussen. Jede Garnele hat ein ganz bestimmtes Ökosystem mit spezifschen Umweltbedingungen besetzt. Jede Veränderung der Umgebungsverhältnisse hat Auswirkungen auf den Gesundheitszustand der Garnelen.
Viele Krankheitserreger und Bakterien sind ein natürlicher und ständiger Bestandteil des Lebensraumes und verursachen im Normalfall, bei optimalen Bedingungen, keine Erkrankungen. Die gesunde Garnele ist in der Lage durch ihr Immunsystem, diese Krankheitsereger unter Kontrolle zu halten.
Zwischen Wirt und Krankheitserregern besteht ein Gleichgewicht, eine Symbiose. Die Bakterien z.B. des Darms sind sogar nützliche Verdauungshilfen. Bei diesen Bakterien handelt es sich um aphatogene Mikroorganismen. Eine solche Lebensweise zweier Lebewesen nennt man Symbiose, bei der beide Lebenspartner gewisse Vorteile voneinander haben.
Wird dieses Gleichgewicht nun z.B. durch Stress, durch Unterdrückungen von Artgenossen, durch schlechte Wasserqualität und Veränderungen der Wasserwerte oder durch Verletzungen des Panzers gestört, wird das Immunsystem geschwächt und verschiedenen Bakterien und Pilzen eine große Angrifsfläche geboten, welche bei optimaler Haltung und regelmäsigem Wasserwechsel weitgehends reduziert werden könnte.Vor allem zu hohe Nitrit- und Nitrat Werte spielen in Verbindung mit Krankheitsausbrüchen eine nicht untergeordnete Rolle.
